蒼蠅能機械性攜帶、傳遞的病原體很多，主要是腸道傳染病，如痢疾、傷寒、脊髓灰質炎等，還有沙眼、結核病等的病原體。吸血蠅的騷擾可使家畜產肉量和產奶量大幅度下降。有些蠅類的蛆寄生于人、畜活體組織或腸道中，對寄主危害非常大。
常用的藥物滅蠅方法有：
●藥物滅蛆:在蠅蛆較多的公共場所、糞池、垃圾堆等孳生地，使用馬拉硫磷0.2％乳劑、殺螟松0.2％乳劑，按每平方米500毫升噴灑，或使用利箭粉劑直接撒施，可有效殺滅蠅蛆。
●藥物滅成蠅:空間噴霧是一種快速滅成蠅的方法。通常采用手動噴霧器、超低容量噴霧器或市售氣霧罐。藥品可選用利箭5號50倍空間噴霧。
●滯留噴灑:這是一種持效的滅蠅方法。主要用于廁所、禽畜圈等多蠅場所，將藥劑噴灑于門窗、墻面、天花板等蠅類經常停留處。常用藥劑有利箭（20克/袋，1袋兌水1斤或3袋兌水2斤搖晃均勻噴霧）、利箭2號（50克/袋，1袋兌水20—30斤搖晃均勻噴霧）、利箭5號（液劑，1升兌水7—10升，可噴霧1000平米）等。滯留噴灑，實驗室效果可達到1—2個月，實際應用效果一般可以維持25天蒼蠅明顯減少甚至沒有。
●毒繩滅蠅:利用家蠅喜歡停留在繩索等懸掛物上的習性，將直徑2至4厘米的棉(麻)繩或布條等用藥劑浸泡后晾干，裁成1至2米左右長度，懸掛室內天花板、畜禽棚下、周圍墻壁上，距地面2至2.5米。一般每10米放2至3條即可。可供浸泡的殺蟲劑有10％的甲基吡啶磷（商品名加強蠅必凈），利箭2號（1袋兌水3—5斤搖晃均勻作浸泡液
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